Expérimenter les humanités numériques Des outils individuels aux projets collectifs
  • Étienne Cavalié
  • Frédéric Clavert
  • Olivier Legendre
  • Dana Martin
Chapitre 3

Zotero : la gestion de références bibliographiques et de corpus documentaires

  • Chloée Fabre

Chapitre uniquement disponible dans la version numérique augmentée de cet ouvrage.

Au fil de nos recherches documentaires, nous accumulons des références bibliographiques. Tant qu’il n’y en a que quelques-unes, il n’y a pas, concrètement, de problèmes d’organisation, mais quand elles se multiplient, il devient difficile de s’y retrouver sans un outil adéquat. Qui ne s’est jamais retrouvé à rechercher une référence notée au hasard de ses lectures ? Les logiciels de gestion de références bibliographiques apportent une aide qui ne peut être égalée par l’utilisation d’un traitement de texte ou d’un tableur. Ces logiciels permettent d’importer, de gérer et d’éditer sous forme de bibliographie ses références, et ce de manière automatisée. Finies les heures passées à les recopier ou encore à mettre en forme ses bibliographies selon une norme de présentation.

C’est cet ensemble de fonctionnalités que propose Zotero : « Grab your research with a single click [1] ». À l’initiative du Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM [2]), Zotero s’inscrit dans le Web 2.0 et a été développé dans une logique d’interopérabilité et d’ergonomie simplifiée, comme un outil intégré dans le navigateur qui doit également communiquer avec des logiciels installés sur le poste de travail — comme les traitements de texte ou d’autres programmes par l’intermédiaire de normes, standards et protocoles de communication.

Au fil de ses nouvelles versions, on a créé de multiples fonctionnalités qui font de cette application un outil évolutif qui organise et gère l’intégralité de ses sources. Pourquoi choisir Zotero ? Quelles sont ses principales fonctionnalités dans son rôle de logiciel de gestion de références bibliographiques ? C’est ce que nous verrons en plus de montrer comment il peut être également utilisé pour gérer et exploiter ses corpus documentaires.

Petite description du logiciel

Zotero permet d’organiser et d’annoter ses références bibliographiques, de les citer dans des traitements de texte ainsi que d’organiser ses corpus de recherche. Il existe actuellement de nombreux logiciels pour effectuer ce type de tâches [3]. Un des leaders du marché est EndNote, un logiciel propriétaire de Thomson Reuters qui fonctionne par licence payante [4]. Très complet sur les aspects de gestion et de citation des références bibliographiques, il n’intègre toutefois aucun aspect du Web social. De plus, il est de plus en plus concurrencé par les applications web qui déplacent le travail de recherche dans un environnement numérique connecté. Mendeley, une application gratuite, permet également une gestion complète des références enrichie d’une couche de Web social permettant de travailler en réseau [5]. Mais elle a été achetée par Elsevier ce qui pose la question plus large de la propriété des données.

À la différence de ces logiciels, le projet Zotero est fondé sur une logique Open Source ainsi que sur une philosophie compatible avec les principes du monde universitaire et de la recherche. Créé par le Centre de recherche de l’Université George Mason (RRCHNM en Virginie [6]), il est financé de manière transparente par des subventions provenant de l’Institute of Museum and Library Services [7] et par des fondations (Andrew W. Mellon [8] et Alfred P. Sloan [9]). Le projet est dirigé par des enseignants-chercheurs bien placés pour construire un outil évolutif répondant aux besoins de la communauté scientifique. Logiciel libre, il autorise un libre accès à ses données et métadonnées et permet qu’on en reste « maître ». Le fait que ce logiciel soit open source apporte également une logique communautaire dans son développement. Ainsi, Zotero fédère une large communauté d’utilisateurs qui contribue à son amélioration. En outre, dès ses origines, le projet a laissé une place importante aux interfaces de programmation (API). Depuis sa création, Zotero possède une API afin que des développeurs tiers puissent construire eux-mêmes des connexions avec d’autres outils ou ressources sans l’intervention de l’équipe originale. Zotero existe sous deux formes :

  • premièrement comme une extension du navigateur Mozilla Firefox, ce qui fait qu’elle est ainsi à la fenêtre du navigateur ;
  • deuxièmement comme une version indépendante du navigateur — Zotero Standalone. Elle est de plus capable d’interagir avec d’autres navigateurs (Chrome, Opéra et Safari).

Ces deux solutions permettent de choisir la version qui s’adapte le mieux à ses pratiques.

Zotero est un logiciel adapté pour gérer et citer ses sources. On peut l’utiliser dans l’univers numérique dans lequel nous évoluons et avec lequel il interagit. En plus de l’accès libre, il permet un libre enrichissement de son code et la communauté peut travailler avec un outil évolutif pouvant répondre rapidement à des besoins réels, en corrélation avec le monde universitaire.

Des outils de gestion de références bibliographiques

Se constituer une base de données bibliographiques

Alimenter ses travaux implique un long travail de recherche bibliographique. Il faut parcourir, lire, compiler une multitude de références d’ouvrages, d’articles scientifiques ou tout autre type de documents. Au fil de ce travail, Zotero permet de créer une base de données personnelle à partir de l’ensemble des références collectées. Ce logiciel a été conçu comme un outil « vivant » dans son navigateur et pouvant interagir avec lui ; on peut ainsi directement enregistrer les résultats de ses recherches bibliographiques dans sa base Zotero au fur et à mesure de ses avancées en un seul clic [10]. De nombreuses bases de données comme Cairn [11], revues.org [12], JSTOR [13], ainsi que la majorité des catalogues de bibliothèque sont compatibles avec lui. Toujours en évolution, Zotero propose dans sa future version 5.0 [14] la possibilité d’alimenter sa bibliothèque grâce au Feeds support. Cette fonctionnalité permet de suivre les flux RSS ou Atom programmés dans Zotero et de les intégrer directement à sa bibliothèque.

Zotero offre également une gestion très personnalisée de sa base. Ainsi, on peut classer ses références dans des dossiers (collections), les catégoriser à l’aide de mots-clés (marqueurs) ou encore les annoter. On peut créer des collections pour classer ses publications afin de pouvoir par la suite éditer très rapidement sa propre bibliographie. Si pour les directeurs d’unité de recherche, Zotero peut être d’une grande utilité pour la préparation de l’annexe 6 du rapport à rendre à l’HCERES (Haut conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur) qui demande, dans sa première rubrique, la liste de la production scientifique pour la période considérée. Il est en effet possible de créer une collection au nom de son unité et ensuite, à l’intérieur de celle-ci, des sous-collections selon le classement que vous souhaitez mettre en place dans cette annexe : subdivision en équipes internes ou en axes selon l’organisation de votre unité. Le classement par collection est également très pertinent dans le cas de besoins ponctuels comme la réalisation de projets de recherche (ANR, projet H2020) pour élaborer un état de l’art ou constituer un corpus de références pour la rédaction du rapport. Il en va de même dans le cadre de la rédaction d’un article scientifique. En plus de cette possibilité de classement, Zotero permet de catégoriser chacune des références à l’aide de nos propres mots-clés. Il est aussi possible de rassembler des références selon des périodes historiques, des aires géographiques ou même selon des critères fonctionnels tels que « à lire ».

Zotero propose une fonction de sauvegarde et de synchronisation en ligne de sa base qui nécessite la création d’un compte sur le site officiel. La fonction de synchronisation permet d’ajouter des références à son Zotero, même quand on n’a pas son ordinateur avec soi, et de les récupérer automatiquement sur celui-ci : il n’est plus nécessaire de faire des copies de fichiers bibliographiques.

Utiliser ses données bibliographiques dans ses travaux de recherche

Zotero permet, dans un deuxième temps, d’utiliser les références collectées dans ses travaux de recherche. On peut éditer très rapidement des bibliographies à partir de références présélectionnées. Zotero facilite la citation des références et la création des bibliographies dans ses travaux pendant leur rédaction grâce à des extensions connectant sa base aux logiciels de traitement de texte (Microsoft Word, LibreOffice/Open Office [15]).

Lors de la citation de références, un des éléments essentiels est le style bibliographique ; c’est ce qui formalise la présentation des références citées et des bibliographies. Par défaut, Zotero propose une quinzaine de styles et on peut en télécharger de nouveaux à partir de Zotero Style Repository [16]. Ce répertoire propose des milliers de styles dans différents formats qui couvrent tous les domaines disciplinaires. On y retrouve également des styles propres à des revues scientifiques ou éditeurs (Revue d’histoire moderne et contemporaine, Revue française de sociologie, Presses universitaires de Rennes, etc.). Si on ne trouve pas le style adéquat, on peut intervenir directement sur un style existant pour l’adapter à son utilisation. En effet, Zotero utilise le Citation Style Langage (CSL), langage basé sur XML, pour créer les styles de citation. Si ce langage ne nous est pas familier, il ne faut pas oublier que Zotero est un logiciel libre au fonctionnement collaboratif. De nombreux utilisateurs créent des styles et les proposent sur des forums comme Franziska Heimburger sur le blog La boîte à outils des historiens qui met à disposition un style respectant les consignes du guide Le tapuscrit des éditions de l’EHESS [17]. On peut aussi trouver des informations utiles sur la création de styles CSL, et plus largement sur l’utilisation de Zotero, sur le blog « Zotero Francophone [18] ». Il est également possible de demander la création d’un style selon ses besoins sur le forum du site de Zotero.

Partager ses références

Comme nous l’avons vu, Zotero offre la possibilité de se créer un compte en ligne. La création de ce compte offre une autre fonctionnalité très intéressante, la gestion partagée de références bibliographiques. En effet, on peut partager sa base personnelle (en intégralité ou en partie), créer des bibliothèques de groupe et ainsi générer des bibliographies collectives.

Cette fonctionnalité permet une nouvelle approche du travail collaboratif. Plus concrètement, la gestion partagée permet de construire une bibliographie dans un domaine de recherche en collaboration avec d’autres experts, indépendamment de leur localisation géographique ou de toute autre contrainte technique. De plus, ces bibliographies collaboratives peuvent être partagées. Grâce à son API et aux plug-ins développés, Zotero permet l’intégration d’une bibliographie dans des sites web ou des blogs. Un exemple marquant est celui de la First World War Studies Society, une société savante regroupant 350 chercheurs dans le monde entier, qui a mis en place à partir de Zotero une bibliographie collective avec un double objectif : développer à la fois un outil de référence actualisé des publications sur ce domaine et un instrument de veille pour la communauté internationale des chercheurs qui travaillent sur cette période [19]. Ce groupe avait depuis longtemps une bibliographie disponible sur son site web. Alimentée manuellement, elle induisait une charge de travail significative pour chacun des membres et, de fait, des mises à jour irrégulières. La création d’une bibliographie collaborative a permis d’alléger le travail d’alimentation de cette base et d’améliorer grandement la visibilité de celle-ci. En effet, les nouvelles références bibliographiques sont automatiquement transmises aux membres du groupe Zotero via le processus de synchronisation et la bibliographie est mise à jour en temps réel sur le site web. De plus, le groupe a mis en place des alertes sur sa page Facebook ainsi que sur un compte Twitter dédié [20]. Cet exemple montre bien comment Zotero peut permettre d’agréger les pratiques individuelles de veille scientifique des membres d’un collectif afin d’alimenter facilement une base commune profitable à un grand nombre. Cette expérience est bien entendu transposable dans d’autres disciplines, mais également dans d’autres cadres tels qu’un projet de recherche.

Exploiter ses références

Le travail de recherche ne s’arrête pas à la simple citation de références bibliographiques. En effet, celui-ci demande également une analyse de ses références et Zotero permet cette exploitation à différents niveaux.

Il est possible d’élaborer des représentations sous forme de frise chronologique à partir de références contenues dans sa base. Cette fonctionnalité permet d’associer des références à leur « position » dans le temps le long d’une échelle graduée. Zotero laisse la possibilité de choisir l’échelle de la frise de manière très large : jours, mois, année, décennies, siècle ou millénaire. Cette lecture « graphique » de références dans le temps permet de visualiser d’un seul coup d’œil un ensemble de références et de donner des repères historiques. Cet outil est très intéressant par exemple pour visualiser l’évolution de la littérature scientifique dans un domaine.

Zotero offre également la possibilité de représenter ses références sur une carte [21]. Cette extension permet ainsi de parcourir ses collections à travers les relations géographiques entre les références bibliographiques. Zotero Maps construit ses cartes à partir d’OpenStreet Map qui a l’avantage de permettre une utilisation dynamique : zoom avant et arrière, déplacement au sein de la carte. Ce qui est encore plus intéressant avec cette application est la possibilité de créer des cartes à partir de différents éléments de vos références : titre, lieu d’édition, mots-clés, etc. En effet, dans de nombreux cas, le lieu de publication peut se révéler une information importante dans une recherche. Par exemple, visualiser les lieux d’édition dans le cadre d’une étude sur un événement ponctuel, et donc sa couverture géographique comme sujet de recherche, peut être très instructif. Cette fonctionnalité montre également l’intérêt d’utiliser des mots-clés pour catégoriser ses références. En effet, on peut utiliser des mots-clés géographiques (nom de ville, de région, etc.) pour la description de ses références puis s’en servir à travers cette application pour visualiser ses références sur une carte et ainsi identifier des localisations géographiques clés en fonction d’un sujet de recherche.

Outils de gestion de corpus documentaires

Un travail de recherche ne demande pas seulement de gérer les références de ses sources, mais également tous les documents sources eux-mêmes.

Gérer ses documents sources

Au-delà de la constitution d’une base de données de références bibliographiques, Zotero peut également être utilisé pour gérer ses sources. En effet, il propose un ensemble de fonctionnalités permettant d’importer, stocker et gérer ses documents sources et par là d’organiser sa documentation quel que soit le format de fichiers (PDF, Word, Excel, JPEG, MPEG4, etc.). De même que pour la gestion de ses références, Zotero permet de construire soi-même sa base de données selon une structuration qui nous est propre. Cette possibilité répond à un double intérêt : éviter l’éparpillement de ses documents et pouvoir, le cas échéant, stocker dans un même ensemble notes, documents et références bibliographiques. En effet, on a la possibilité de rattacher à chacune de ses références bibliographiques un ou plusieurs documents tels que l’article en texte intégral, l’image qui y correspond ou encore ses notes de lecture. De plus, tout comme il est possible de créer un classement par projet de recherche ou par thématique de travail, on peut également élaborer un classement propre à ses documents sources. On peut, par exemple, classer ses documents par dossiers selon le fonds d’archives d’où proviennent ses sources comme l’archive municipale d’une ville en particulier, puis de créer des sous-dossiers selon le type de document.

Zotero propose en outre des fonctions automatisées pour améliorer la gestion de fichiers. En effet, le nombre de documents à gérer peut très vite devenir important et donc nécessiter une bonne organisation. Dans ce sens, Zotero permet de renommer automatiquement les fichiers rattachés à une référence selon les éléments contenus dans celle-ci (titre et année de publication). L’extension Zotfile [22] permet d’aller plus loin et de nommer automatiquement l’ensemble de ses documents lors de leur importation dans sa base selon une « charte de nommage » qu’on aura préétablie comme, par exemple, « Auteur_Année ». Cette extension offre aussi la possibilité d’une gestion automatique et transparente des versions successives du fichier et en importe ainsi la version la plus récemment modifiée [23].

Exploiter ses documents sources

Zotero permet donc de considérer des sources collectées et importées comme des corpus à part entière.

Une fois cette somme d’information présente dans sa base, vient la phase d’exploitation où Zotero peut être une aide précieuse en offrant la possibilité d’un travail dans les documents à deux niveaux. Tout d’abord, il possède une fonction d’indexation intégrale des fichiers (dont les fichiers PDF) et par conséquent de recherche plein texte sur l’ensemble d’un corpus. Cette fonctionnalité de recherche intégrale permet de récolter des informations très rapidement et sans avoir à lire l’intégralité des documents. Zotero propose également d’automatiser un autre aspect du travail d’exploitation des sources concernant les documents en PDF : si on utilise les fonctions d’annotation et de soulignement dans ce type de fichier, on peut extraire automatiquement, grâce à Zotfile, les passages annotés. Ces annotations ou les éléments soulignés seront ainsi transformés en notes rattachées au document (et par là même à la référence), pour une meilleure structuration des notes de lecture et ainsi une meilleure visibilité dans la base.

La seconde possibilité est de créer des visualisations d’informations des documents sources. Zotero Maps extrait automatiquement les lieux apparaissant dans les documents PDF, et les représente sur une carte ; on peut ainsi voir en un seul clic le périmètre géographique traité dans un corpus. Pour des représentations géographiques, une autre extension, Paper Machines [24], agrège plusieurs types de visualisations et rend possible une représentation géographique des lieux mentionnés dans son corpus de sources. Cette possibilité est d’autant plus intéressante qu’elle rend également compte du nombre de mentions de chaque lieu grâce à un dégradé de couleurs. Il est possible d’utiliser un filtre chronologique. Paper Machines propose en outre des possibilités de visualisation de vos sources sous forme de nuage de mots-clés ou de relations entre les termes les plus utilisés.

Ces différentes fonctionnalités permettent donc d’avoir une approche différente de l’étude de ses corpus et ainsi une autre vision de ceux-ci. Tout comme pour l’exploitation de ses références bibliographiques, ces fonctionnalités analytiques ou de visualisation sont des versions intégrées d’autres outils ce qui peut impliquer des limitations de leurs fonctionnalités. De plus, pour toutes les extensions de Zotero, la question de la pérennité se pose. En effet, celle-ci ne peut être assurée notamment lors des changements de version de Zotero.

Partager ses corpus

Le travail de recherche amène à collecter et exploiter des documents de sources primaires et secondaires. Avec l’avènement d’Internet, la question de la valorisation de ces corpus se pose et devient de plus en plus prégnante. En effet, rendre publiques les sources liées à un projet de recherche assure leur visibilité, permet un partage des travaux et facilite leur réutilisation, ce qui entraîne une meilleure valorisation de ses recherches.

En connectant sa base de données Zotero à un outil numérique comme Omeka, on a la possibilité de publier ses corpus en ligne selon une structuration qu’on aura soi-même définie. Omeka est une plate-forme de publication web Open Source, également développée par le RRCHNM, qui permet la collecte et la mise en ligne des documents sources [25]. Il fonctionne comme un service d’archivage offrant la possibilité d’organiser celles-ci en collections, selon un projet de recherche par exemple, et de créer des expositions virtuelles qui peuvent accompagner un colloque ou la publication d’un de ses travaux. Tout comme l’utilisation de l’ensemble des fonctionnalités de Zotero, l’intégration des corpus stockés sur Zotero dans Omeka est une opération assez simple. Le RRCHNM nous propose un exemple de connexion entre Zotero et Omeka : Occupy Archive Project qui a pour but d’entretenir la mémoire du mouvement Occupy après la crise financière [26]. Cette archive rassemble des pages web, des photos, des vidéos, des sons appartenant à ceux qui ont participé au mouvement, mais également aux personnes qui l’ont observé. La Bibliothèque Franco-Américaine propose un autre exemple intéressant de la combinaison de ces deux logiciels [27]. Elle a créé une ressource qui a pour objectif l’étude de l’histoire, de la littérature et de la vie franco-américaine. Pour ce faire, elle a rassemblé sur un même point d’entrée des collections de sources (images, sons, dessins) ainsi que des bibliographies par sujet.

Zotero est un outil adéquat pour gérer les contenus de ses recherches. Il permet une utilisation adaptée aux besoins et aux capacités de chacun. En effet, il propose trois niveaux d’utilisation, une utilisation basique pour la gestion et la citation de sources, un niveau plus « connecté » avec la possibilité de travailler de manière collaborative et pour finir un niveau « avancé » avec la possibilité d’un travail d’analyse et de valorisation de corpus.

Ce logiciel, par son interopérabilité, facilite les échanges grâce aux standards de données utilisés. Il donne la possibilité d’interconnecter sa base à un ensemble d’autres applications, que ce soit sur son poste de travail ou dans l’univers numérique qui l’entoure. Parce qu’il s’intègre complètement au navigateur, il permet un gain de temps considérable. En effet, on peut, d’un simple clic, compiler les références bibliographiques, au fur et à mesure de l’avancée de ses recherches, et créer ainsi une base de données propre utilisable tout au long de sa carrière pour nourrir et enrichir ses travaux. La couche de Web social permet une réelle mise en réseau entraînant de nouvelles possibilités de communication scientifique, sans avoir à utiliser de connaissance technique particulière.

Fabre Chloée (2017). “Zotero : la gestion de références bibliographiques et de corpus documentaires”, in Cavalié Étienne, Clavert Frédéric, Legendre Olivier, Martin Dana (édité par), Expérimenter les humanités numériques. Des outils individuels aux projets collectifs, collection « Parcours numériques », Les Presses de l’Université de Montréal, Montréal, ISBN: 978-2-7606-3802-0 (http://www.parcoursnumeriques-pum.ca/zotero-la-gestion-de-references-bibliog (...)), RIS, BibTeX.

Dernière mise à jour : 29 septembre 2017
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Réalisé avec SPIP pour la Collection Parcours Numériques aux Editions PUM par Owell.co

Sommaire
Notes additionnelles

[1« Saisissez votre recherche en un seul clic ». Accéder à Zotero.

[2Le Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) est intégré au Département d’histoire et d’histoire de l’art de la George Mason University en Virginie. En savoir plus.

[3Pour aller plus loin, voir « Comparaison de logiciels de gestion de références », 5e version, juin 2015.

[10L’ensemble de la documentation est disponible sur le site de Zotero. Vous trouverez également des tutoriels sur le blog La Boîte à outils des historiens ainsi qu’un ensemble d’informations sur le blog Zotero francophone. De nombreuses unités de recherche et d’université proposent des ateliers sur cet outil.

[14Voir le billet de Dan Stillman « Zotero 5.0 Beta », 10 juin 2016.

[19Franziska Heimburger, « Bibliographie collaborative de la Grande Guerre avec Zotero », La boîte à outils des historiens, 23 janvier 2013.

[20Accéder à la page Facebook et au compte Twitter de la First World War Studies Society

[21Plug-in téléchargeable sur Zotero/zotero-maps.

[24Extension disponible sur Paper Machines.

Contenus additionnels : 4 contenus

  • Bibliographie de « Zotero : la gestion de références bibliographiques et de corpus documentaires »

  • Zotero

  • Blog La boîte à outils des historiens

  • Le blog Zotero francophone

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